Попробуйте:
пробиотик Бифилар  — содержит пробиотик и пребиотик, т. е. питание для микрофлоры;
синбиотик Мультифлора — 7 видов лакто-, бифидобактерий и инулин (питание для бактерий);
пробиотик Мультифлора Макси — мощнее обычного в 12 раз: 55 млрд.КОЕ.

Лучше посетите бесплатный вебинар Лилии Стародубцевой «Нормализация ЖКТ». Там как раз обсуждается безопасное восстановление ЖКТ. 
 

Кефиром, йогуртом, сметаной и другой кисломолочкой. В них как раз нужные бактерии присутствуют.

Покупаете любой пробиотик и готовите из него домашний йогурт. Получается, что во время приготовления, бактерии размножаются и их становится больше, поэтому результат лучше. 
Готовить можно в мультиварке, хлебопечке и других устройствах, где есть режим «йогурт». В крайнем случае можно просто добавить содержимое капсулы в банку с молоком и поставить в тёплое место. 

Буду банальным, но наверное дам самый верный ответ: пробиотик можно заменить врачом, в вашем случае, гастроэнтерологом.

Любым квашением: капустой, огурцами, кабочками, яблоками и т. д. Многие врачи в блогах утверждают, что бактерии из квашения лучше пробиотиков.

Клетчаткой — это пища для бактерий. С клетчаткой будет разрастаться собственная микрофлора, а не покупная, которая неизвестно как будет воздействовать на организм.