Иоанна – женщина на папском престоле (2009, Германия, Великобритания, Италия, Испания). Не совсем о противостоянии, а о том, как на святом престоле два года была женщина, которая претворялась мужчиной.

Лекарь: Ученик Авиценны (2013);
Царство небесное (2005);
Александр (2004);
Жанна Д’Арк (1999).
 
 
 

Страсти Христовы (2004). Я считаю этот фильм лучшим на религиозную тему. О том, как распяли Христа. Если считать тех, кто распял «научной стороной», то фильм как раз по вашим запросам.

Ангелы и Демоны (2009, США, Италия). Скорее фантастика, чем история, но вы посмотрите.

Вселенная Стивена Хокинга (2014). Если действительно интересно противостояние науки и религии, то только этот фильм.

Последнее искушение Христа (1988). Классика, но смотрится неплохо.